특허를 받고자 하는 자는 특허가 담은 발명에 대한 서류를 작성한 특허출원서를 특허청장에게 제출하여야한다.

심사관은 특허출원이 특허법 제62조 각호의 어느 하나에 해당 할 경우 거절이유 통지 후 거절결정을 해야한다. 다만 거절결정전에 출원인은 심사관의 거절이유통지에 대응하여 의견서를 제출할수 있고 지정한 의견서 제출기간 이내에 보정서를 제출하여 명세서 또는 도면을 보정 할수 있다. 출원인이 의견서를 제출한 경우 제출된 의견서를 반영하여 거절이유가 유지될수 있는지 여부를 다시 심사한다. 만약 의견서 제출기간 이내에 보정서도 같이 제출한 경우에는 해당 보정서에 의한 보정사항을 반영하여 심사한다. 심사관은 의견서 및 보정사항을 반영하여 다시 심사한 후에도 거절이유통지에서 지적한 거절이유가 해소되지 않았다고 인정하는 경우 거절결정을 해야 한다.

특허출원 이후 3년 이내에 특허청장에게 그 특허출원에 관하여 출원심사의 청구를 할 수 있고, 다만, 제34조 및 제35조에 따른 정당한 권리자의 특허출원, 분할출원 또는 변경출원에 관하여는 그 기간이 지난 후에도 정당한 권리자가 특허출원을 한 날, 분할출원을 한 날 또는 변경출원을 한 날부터 각각 30일 이내에 출원심사 청구를 할 수 있다. 심사청구가 있을 시에 한하여 특허출원을 심사한다.

심사관은 특허법 제62조(특허거절결정)에 따라 특허거절결정을 하고자 할 때에는 출원인에게 거절이유를 통지하고 기간을 정하여 의견서를 제출할 기회를 주어야 한다. 다만 특허법 제51조(보정각하)에 따라 보정각하결정을 할때는 그러지 아니한다. 심사관이 행하는 거절이유통지는 2종류로 구분되며 그 종류에 따라 출원인이 할 수 있는 명세서 또는 도면의 보정 범위가 다르게 제한된다. 하나는 거절이유통지에 대한 보정에 따라 발생한 거절이유만을 통지하는 거절이유통지(최후거절이유통지)와 다른 하나는 출원인이 처음으로 받거나 최후거절이유통지가 아닌 거절이유통지(최초거절이유통지)를 말한다.

출원인의 신청에 의하여 조기공개신청 또는 특허출원 이후 1년 6개월 경과 후 심사여부와 관계없이 출원공개를 해야하며 이는 발명의 공개를 통해 제3자의 중복연구, 중복투자 및 중복출원을 방지하는 한편 기술이용의 기회를 제공한다.