요약본 발명은 온화한 가열 및 초음파 처리를 이용하여, 식품의 물성을 해치지 않으면서 단시간에 항생제 내성 세균에 대한 항균 및 항생제 내성 유전자 불활성화를 유도할 수 있는 새로운 식품 살균 방법 및 이를 이용한 살균 식품의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명의 50 내지 60℃열 및 40 kHz의 초음파를 동시에 처리하는 단계를 포함하는 식품 살균 방법은 물리적 병용처리를 이용하여 식품 내 존재하는 항생제 내성균 및 항생제 내성 유전자를 모두 효과적으로 제어할 수 있으며 식품의 품질 변화를 최소화할 수 있으므로, 다양한 신선식품, 가공식품의 살균 방법으로 활용될 수 있다.