요약진공 막증류(Vacuum Membrane Distillation) 시스템에서 막 젖음지수(Membrane Wetting Index)를 연속적으로 측정하고, 막 젖음지수의 상태에 따라 소수성 분리막의 막 젖음정도를 파악하며, 막 젖음지수에 따라 소수성 분리막 모듈의 유입측에서 진공을 유지하거나 또는 건조공기에 의하여 실온에서 분리막 표면의 막 젖음을 신속하게 방지함으로써 진공 막증류 시스템의 성능을 회복시킬 수 있고, 또한, 소수성 분리막 모듈을 해체하지 않은 비파괴 상태에서 소수성 분리막의 액체투과압력(LEP)과 처리수 수량 및 수질의 변동계수를 조합한 막 젖음지수를 모니터링하고, 막 젖음지수로 산출한 최대 운전가능한 여과시간을 기준으로 소수성 분리막의 막 젖음을 제어함으로써 막 젖음에 대한 자가 진단 및 자가 치유가 가능한, 막 젖음지수를 모니터링 및 제어할 수 있는 진공 막증류 시스템 및 그 방법이 제공된다.